Kwartalne rozliczenie VAT przynosi wiele korzyści dla przedsiębiorcy, jednak trzeba mieć na uwadze, że nie od razu można skorzystać z tej metody rozliczenia. Do rozliczeń kwartalnych przedsiębiorca może przystąpić dopiero po okresie 12 miesięcy od momentu rejestracji VAT. Przez pierwsze 12 miesięcy należy rozliczać się poprzez miesięczny okres rozliczeniowy i w tym okresie nie można dokonać żadnej zmiany. Osoba, która zdecyduje się po tym czasie na rozliczenia kwartalne musi złożyć formularz zgłoszeniowy VAT-R do Urzędu Skarbowego. Formularz można przesłać do 25 dnia drugiego miesiąca kwartału, za który przedsiębiorca chce rozpocząć rozliczanie kwartalne.

Wśród korzyści płynących z rozliczenia kwartalnego VAT to na przykład możliwość rozliczania faktur kosztowych w ciągu trwającego okresu kwartalnego, kiedy została ona wystawiona lub w ciągu dwóch następnych kwartałów. Ponadto kwartalne rozliczenie VAT sprzyja przedsiębiorcom w sytuacji, gdy wychwycą błąd w polu podatku VAT. Jeżeli wystąpi on w trwającym okresie rozliczeniowym nie trzeba wprowadzać korekt w części deklaracyjnej, ponieważ zostanie ona dopiero wygenerowana na zakończenie kwartału. W sytuacji odnalezienia błędu w już rozliczonych okresach do skorygowania będzie mniejsza liczba plików JPK_V7. Oprócz tego kwartalne rozliczenie VAT uprawnia do korzystania z metody kasowej rozliczania podatku. Metoda kasowa umożliwia wykazanie należnego VAT-u dopiero po otrzymaniu płatności od kontrahenta (przy założeniu, że jest on również płatnikiem VAT).