Faktury zaliczkowe są niezbędne przede wszystkim w sytuacji, gdy za dany towar lub usługę nabywca wpłaci część należnej kwoty w formie zaliczki. Z racji wpływu części kwoty powstaje obowiązek podatkowy, dlatego przedsiębiorca jest zobowiązany do odpowiedniego udokumentowania takiego zdarzenia.

Fakturę zaliczkową należy wystawić nie później niż do 15 dnia miesiąca następującego po otrzymaniu zaliczki. W przypadku, kiedy transakcja zostanie sfinalizowana w jednym okresie rozliczeniowym nie trzeba wystawiać odrębnie faktury zaliczkowej i końcowej. W takiej sytuacji wystarczający będzie dokument, który obejmie pełną transakcję wliczając zaliczkę. Dla osób nieprowadzących działalności gospodarczej nie trzeba wystawiać faktury zaliczkowej, chyba że na żądanie wpłacającego.

Faktury zaliczkowej nie trzeba również wystawiać przy dostawach określonych usług i towarów. Zgodnie z ustawą o VAT są to m.in.: dostawy energii cieplnej, usługi dostarczani i uzdatniania wody, najem, leasing czy usługi ochroniarskie. Wynika to z tego, że zaliczki wpłacane w zakresie takich usług nie są traktowane jako obowiązek podatkowy na gruncie VAT.

Jeżeli przy jednej transakcji wpłynie więcej niż jedna zaliczka, każda z nich wymaga własnej faktury zaliczkowej. Po realizacji usługi lub zamówienia konieczna faktura końcowa musi zawierać informacje (numery faktur) o fakturach zaliczkowych.