Obowiązek rejestracji do VAT-UE dotyczy zarówno przedsiębiorców, który są czynnymi podatnikami VAT, jak i tych, którzy korzystają ze zwolnienia z VAT. Obowiązek rejestracji do VAT-UE pojawia się w momencie rozpoczęcia działań na rynku unijnym. Zwolnione z obowiązku są tylko osoby, które świadczą usługi na rzecz osób fizycznych nieprowadzących działalności gospodarczej z krajów Unii Europejskiej.

Czynni podatnicy VAT powinni wypełnić zgłoszenie do VAT-UE jeszcze przed rozwinięciem działalności na kraje UE. Dokonanie transakcji – sprzedaży i zakupu towarów lub świadczenia i pozyskania usług z zagranicznym kontrahentem w UE wymaga od przedsiębiorcy wpisu w rejestrze VAT-UE. Dostawa towaru za granicę, pod warunkiem zachowania dokumentacji potwierdzającej wywiezienie towaru i dostarczenie go do nabywcy, podlega opodatkowaniu 0% na mocy wewnątrzwspólnotowej dostawy (WDT). Obie strony transakcji muszą posiadać numer VAT-UE. Tę samą stawkę VAT przy wewnątrzwspólnotowym nabyciu towaru (WNT). Polski przedsiębiorca nalicza VAT i ujmuje go w ewidencji, a następnie odlicza go z tytułu zakupu. Taka sama zasada jak w WNT obowiązuje przy nabyciu usług.

Z kolei podatnicy korzystający w Polsce ze zwolnienia z VAT muszą zarejestrować się do VAT-UE przed nabyciem usług. Naliczony z tytułu nabycia usługi VAT należy wykazać w deklaracji VAT-9M. Również przed świadczeniem usługi oraz przed nabyciem towaru należy zarejestrować się do VAT-UE.