Z początkiem września 2019 znowelizowały się przepisy dotyczące wykreślania podatników z rejestru VAT. W określonych ustawą sytuacjach naczelnik urzędu skarbowego usuwa z rejestru. Z reguły dzieje się tak , gdy podatnik nie istnieje lub mimo popartych dokumentami podejść nie da się skontaktować ani z podatnikiem, ani z jego pełnomocnikiem. Również w przypadku, kiedy nie odpowiadają na wezwania naczelnika urzędu skarbowego, naczelnika urzędu skarbowo-celnego, dyrektora izby administracji skarbowej lub Szefa Krajowej Administracji Skarbowej. Bywa też tak, że podane dane podatnika są niepoprawne, wtedy również taka osoba zostaje wykreślona z rejestru.

Dotychczas wykreślenie z rejestru VAT następowało po nieoddaniu deklaracji VAT z 6 miesiecy albo 2 kwartałów. Od pierwszego września ten czas został zmniejszony o połowę – do 3 miesięcy albo jednego kwartału. Na złożenie wniosku o przywrócenie do rejestru podatnik ma 2 miesiące, w ciągu których musi dać dowód prowadzenia opodatkowanej działalności oraz oddać brakujące deklaracje.

W przypadku dostarczania deklaracji zerowych, usunięcie z rejestru następuje po 2 kwartałach albo 6 miesiącach, w ciągu których podatnik nie okazał kupna, sprzedaży i importu usług lub towarów. Wniosek o powrót do rejestru musi trafić do urzędu w ciągu 2 miesięcy od wykreślenia wraz z wyjaśnieniem, że deklaracje zerowe wynikały ze specyfiki działalności.