Czasami zdarza się, że na skutek różnych przyczyn faktura zakupowa zostanie utracona – na przykład ulegnie zniszczeniu albo zaginie. W takim przypadku dokument można zastąpić za pomocą duplikatu faktury. Duplikat ten uzyskuje się od sprzedawcy, który wystawił oryginalną fakturę, a umieszczone na niej dane, musza dokładnie pokrywać się z pierwotnymi. Aby zaznaczyć, że faktura została wystawiona ponownie i jest duplikatem, musi zostać w ten sposób oznaczona, zawierając frazę „Duplikat”. Inną ważna cechą jest to, że duplikat faktury powinien zawierać własną datę wystawienia, zamiast daty z oryginału.

Rozliczenie VAT na podstawie duplikatu w głównej mierze zależy od kilku czynników. W zależności od tego, kiedy i w jaki sposób oryginał zaginął oraz w zależności od daty wystawienia duplikatu. Jeżeli oryginalna faktura trafiła do nabywcy i zaginęła po tym, jak została odliczona w VAT, duplikat jest tylko formą potwierdzenia, że taka faktura istniała i wypełnia brak w dokumentacji. W przypadku gdy pierwotna faktura trafi do nabywcy, ale zaginie zanim zostanie odliczona w VAT, wtedy rozliczenie utraconej faktury odbywa się na podstawie duplikatu. Należy zaksięgować go, kiedy u sprzedawcy powstał obowiązek podatkowy lub za jeden z dwóch kolejnych okresów rozliczeniowych. W pliku JPK_VAT należy podać datę wystawienia oryginału przy dacie wystawienia dowodu zakupu oraz dacie wpływu dowodu zakupu.

Podobnie jest w sytuacji, gdy faktura oryginalna nie dotrze do nabywcy. Rozliczenie VAT odbywa się na podstawie duplikatu, ponieważ jest on traktowany jako oryginał. Księgowany jest wraz z datą otrzymania dokumentu albo w jednym z dwóch kolejnych okresów rozliczeniowych. Natomiast w pliku JPK_VAT we wszystkich polach znajdują się dane z duplikatu.