Numeracja faktur służy przede wszystkim ich identyfikacji oraz zachowaniu należytego porządku. Zgodnie z przepisami faktury powinny mieć nadawane numery, które jednoznacznie wskazują na ich kolejność. Co więcej kolejna faktura powinna zostać oznaczona z zachowaniem porządku chronologicznego. Wobec tego kolejne faktury powinny mieć wyższe numery od poprzednich. Podatnik ma jednak w tym zakresie pewną dowolność. Nie ma wymogu wobec przedsiębiorców, aby zaczynali numerację od cyfry 1, zastrzeżeniem jest tylko to, by każda z faktur miała indywidualne oznaczenie z kolejnością zgodną z przyjętą przed przedsiębiorcę ewidencją.

Przedsiębiorca ma możliwość tworzenia serii numeracyjnej, którą również w dowolnym momencie może zastąpić nową serią oznaczeń, o ile nie wpłynie to na możliwość identyfikacji. Tak długo, jak numeracja umożliwia identyfikację faktury i jest zgodna, tak długo oznaczenia będą poprawne. Zdarza się jednak, że dochodzi do powstania luki w numeracji faktur. W takiej sytuacji najprostszym rozwiązaniem jest dołączenie do ewidencji specjalnego oświadczenia. Wystarczy zawrzeć w nim przyczynę pojawienia się luki w numeracji faktur.

Luki w numeracji faktur nie powinno się poprawiać poprzez faktury korygujące, ponieważ te są zarezerwowane dla popraw informacji zawartych na fakturze np. dotyczących ceny towaru, a nie samej numeracji. Oświadczenie wyjaśniające lukę w numeracji faktur jest wystarczającym dokumentem na zachowanie zgodności ewidencji.