Jednolity Plik Kontrolny jest ściśle związany z systemem podatkowym, z tego powodu za niezłożenie go zwykle prowadzi do odpowiedzialności karnej skarbowej. Jeśli JPK nie zostaje dostarczony w terminie, organ podatkowy bada przyczyny, dla których plik nie trafił do urzędu. Oceniane są takie kryteria jak to, czy niezłożenie JPK nastąpiło z lekceważenia obowiązku, chęci ucieczki od obowiązku czy np. słabej organizacji i niedopatrzenia terminu.

Powody działania, stopień szkodliwości społecznej oraz sposób dokonania czynu zaważają na tym, czy takie działanie zostanie uznane za wykroczenie czy przestępstwo. Jeśli wartość uszczuplenia należności podatkowej jest większa od 10 000 zł, z reguły czyn uznaje się za przestępstwo. Karą za przestępstwo i za wykroczenie skarbowe jest kara pieniężna, wymierzana nakazem lub wyrokiem sądu.

Kara za wykroczenie skarbowe mieści się w przedziale od 0.1 do 20-krotnej wysokości wynagrodzenia minimalnego. Za przestępstwo skarbowe, kara może znaleźć się od 10 do 720 dziennych stawek. Wysokość kary grzywny w tych przypadkach zależy od sytuacji majątkowej, rodzinnej oraz możliwości zarobkowych sprawcy. Wszelkie te kryteria mają wielką wartość dla oceny sądu. Te same kary wymierzane są zarówno za niezłożenie JPK, jak i za niezłożenie JPK na żądanie.