Wystawienie Jednolitego Pliku Kontrolnego, nie jest trudnym działaniem. Plik JPK sporządza się na podstawie ewidencji VAT, obejmującej wszelkie konieczne dokumenty dotyczące sprzedaży i zakupów firmy za dany okres. Obok danych zgodnych z deklaracją VAT potrzebne są także dane identyfikujące płatnika.

Jednolity Plik Kontrolny można przygotować przy użyciu specjalnych aplikacji oraz programów dostępnych online lub do pobrania. Do bezpłatnych służących temu aplikacji zaliczają się między innymi narzędzie Klient JPK 2.0, aplikacja e-mikrofirma oraz e-bramka JPK_VAT. Pliki JPK można tworzyć też przy użyciu specjalnych programów księgowych lub komercyjnych aplikacji online. Uzupełnianie danych nie zajmuje dużo czasu, a aplikacje oferują bezpośrednią generację i wysyłkę dokumentu.

Do podpisania Jednolitego Pliku Kontrolnego można wykorzystać podpis albo dane autoryzacyjne. Darmowe sposoby to Profil Zaufany, który można uzyskać w urzędzie lub w bankowości elektronicznej oraz wypisanie danych autoryzacyjnych, obejmujących dane takie jak NIP, PESEL czy datę urodzenia. Sposób płatny to użycie kwalifikowanego podpisu elektronicznego. Jedynie podpisany dokument jest ważny.

Niedostarczenie JPK skutkuje karą grzywny, której wysokość zależy od tego, czy niewykonanie obowiązku oceniono jako przestępstwo czy wykroczenie. Do oceny działania, urząd bierze pod uwagę motywy działania, stopień szkodliwości społecznej i sposób dokonania czynu.