Wraz z postępem technologicznym, zmieniają się możliwości przechowywania dokumentów. Od 1 stycznia ubiegłego roku pracodawcy mogą całkowicie zrezygnować z papierowej dokumentacji na rzecz elektronicznej. E-dokumentacja pracownicza, tak jak w przypadku innych ewidencji prowadzonych tą metodą (na przykład księgowość online), musi spełniać pewne konkretne kryteria. Odpowiedni system informatyczny, na którym znajdą się dane, musi zostać sprawdzony pod względem bezpieczeństwa.

Ważne, żeby zamieszczane w nim pliki, były chronione przed dostępem niepowołanych osób trzecich. Odpowiedni program pozwoli także na magazynowanie plików w odpowiednich formach i zapewni funkcjonalności konieczne do gromadzenia danych. Przedsiębiorca ma za zadanie upewnienie się, że wszystkie odwzorowane elektronicznie dokumenty posiadają właściwe podpisy i pieczęcie. Ponadto elektroniczna dokumentacja pracownicza musi być zgodna z przepisami Kodeksu Pracy.

W momencie, kiedy pracodawca zdecyduje się na prowadzenie dokumentacji w formie elektronicznej, ma obowiązek poinformowania pracowników o zmianie. Jeżeli papierowe wersje dokumentów nie trafią do pracowników, ponieważ okaże się to niemożliwe, należy je zniszczyć. Obowiązkiem pracodawcy jest przechowywanie kompletnej dokumentacji w taki sposób, by była ona chroniona przed niepowołanymi osobami oraz zgodna z wytycznymi prawa.